Un enfoque rentable y eficiente para generar y ensamblar reactivos para llevar a cabo la PCR en tiempo real

En el volumen 46 del Journal of Biosciences, en el artículo titulado Bio Med Frontiers ‘A cost-effective and efficient approach for generating and assembling reagents for conducting real-time PCR’ de Ridim D Mote, V Shinde Laxmikant, Surya Bansi Singh, Mahak Tiwari, Hemant Singh, Juhi Srivastava, Vidisha Tripathi,Vasudevan Seshadri, Amitabha Majumdar, and Deepa Subramanyam, publicado el 27 de noviembre de 2021 (https://doi. org/10.1007/s12038-021- 00231-w), el nombre del segundo autor fue puesto incorrectamente como V Shinde Laxmikant. El nombre correcto debe ser Shinde Laxmikant V.
Un enfoque rentable y eficiente para generar y ensamblar reactivos para llevar a cabo la PCR en tiempo real.
La PCR en tiempo real es una técnica ampliamente utilizada para la cuantificación de la expresión génica. Sin embargo, los kits disponibles en el mercado para la PCR en tiempo real son muy caros. La pandemia de coronavirus que se está produciendo ha afectado gravemente a la economía de varios países en desarrollo, lo que ha provocado una reducción de los fondos disponibles para la investigación.

Protein-Export Protein SecB (SecB) Protein
Abbexa
Protein-Export Protein SecB (SecB) Protein
Abbexa
Protein-Export Protein SecB (SecB) Protein
Abbexa

Las consecuencias de esta situación limitarán a los centros educativos y a las pequeñas empresas el uso de técnicas biológicas de vanguardia como la PCR en tiempo real.

En este trabajo se presenta un método rentable para preparar y ensamblar mezclas maestras de síntesis de ADNc y PCR en tiempo real con una eficacia similar a la de los kits disponibles en el mercado. Nuestros resultados demuestran así una alternativa a los kits disponibles en el mercado.
Los disruptores, una nueva clase de reactivos de oligonucleótidos, mejoraron significativamente el rendimiento de la PCR en plantillas que contienen estructuras secundarias intramoleculares estables.
Se ha demostrado que las estructuras secundarias intramoleculares de las plantillas reducen el rendimiento de la PCR. Mientras que se han desarrollado muchos enfoques para mitigar este deterioro en la PCR, sus efectos pueden variar mucho dependiendo de las secuencias de las plantillas.

Paraffin Wax
Toronto Research Chemicals
Paraffin wax pellets
EWC Diagnostics
Paraffin wax pellets
EWC Diagnostics
Paraffin wax Pellets
EWC Diagnostics
Paraffin wax Pellets
EWC Diagnostics

Aquí presentamos un enfoque novedoso y universalmente eficaz para mejorar el rendimiento de la PCR que incluye oligonucleótidos específicamente diseñados, llamados disruptores. Nuestro disruptor Provider A contiene tres componentes funcionales, un ancla diseñada para iniciar la unión de la plantilla, un efector para interrumpir la estructura secundaria intramolecular y un bloqueador 3′ para impedir su elongación por la ADN polimerasa.
Se propuso un mecanismo funcional para que el disruptor mejore la eficacia de la PCR, en el que el ancla se une primero a la plantilla, seguido por el desplazamiento de la hebra mediado por el efector para deshacer la estructura secundaria intramolecular. Este mecanismo es coherente con la observación de que el anclaje desempeña un papel más crítico en la función del disruptor.

DNA
MBS6507400-005mg MyBiosource
DNA
MBS6507400-5x005mg MyBiosource
4-Amino Biphenyl DNA (4-AMBP DNA, 4-Aminobiphenyl DNA)
MBS600356-01mL MyBiosource
4-Amino Biphenyl DNA (4-AMBP DNA, 4-Aminobiphenyl DNA)
MBS600356-5x01mL MyBiosource
T4 DNA Ligase (T4 DNA) Enzyme
abx073011-25g Abbexa

Como ejemplo de las posibles aplicaciones de los disruptores, las secuencias de repetición terminal invertida de los vectores del virus adeno-asociado recombinante se amplificaron con éxito en presencia de disruptores, a pesar de su conocida reputación de ser algunas de las plantillas más difíciles para la amplificación por PCR y la secuenciación de Sanger, debido a sus estructuras de horquilla en forma de T ultraestable.
Por el contrario, tanto el DMSO como la betaína, dos aditivos de la PCR utilizados habitualmente para facilitar la amplificación por PCR y la secuenciación de Sanger de plantillas ricas en GC, no demostraron ningún efecto de mejora.

MULTIPLEX KIT PCR MASTITIS PCR kit
Bioingentech
MULTIPLEX KIT PCR MASTITIS PCR kit
Bioingentech
PCR Mix
Biochain
PCR-EZ D-PCR MASTER MIX
Bio Basic
MULTIPLEX KIT PCR Babesia & Theileria PCR kit
Bioingentech

Optimización de la asignación de hisopos y reactivos para las pruebas de PCR durante una epidemia viral.
Las pruebas tempranas con hisopos a gran escala son una herramienta fundamental para que las autoridades sanitarias evalúen la prevalencia de un virus y adopten las medidas de mitigación adecuadas durante una epidemia.
La pandemia de COVID-19 ha demostrado que la disponibilidad del reactivo químico necesario para realizar las pruebas es a menudo un cuello de botella para aumentar la capacidad de pruebas de un país.
Además, la demanda se reparte de forma desigual entre las regiones más afectadas (que necesitan más pruebas que puedan realizar) y las menos afectadas (que tienen capacidad de sobra).

Beta2-Microglobulin ELISA kit ELISA Kit
LF-EK60047
Human IL-17E ELISA Kit ELISA kit
E22-HC180.48
Human IL-17E ELISA Kit ELISA kit
E22-HC180.96

Estas cuestiones apuntan a la oportunidad de aumentar la capacidad de pruebas mediante la asignación óptima de hisopos y reactivos a los laboratorios.
En este trabajo demostramos que es así, proponiendo una formulación de programación entera para maximizar el número de pruebas que puede realizar un país y validando nuestro enfoque tanto con datos reales de Italia como con instancias sintéticas.

Beta2-Microglobulin ELISA kit ELISA Kit
Abfrontier
Human IL-17E ELISA Kit ELISA kit
EnoGene
Human IL-17E ELISA Kit ELISA kit
EnoGene

Nuestros resultados demuestran que una mayor colaboración interregional y un suministro más constante de reactivos (es decir, procedentes de centros de producción locales en lugar de envíos internacionales) pueden aumentar drásticamente la capacidad de realización de pruebas.
En consecuencia, proponemos recomendaciones a corto y largo plazo para los responsables políticos y las autoridades sanitarias.

Rat Cholesterol ELISA ELISA
E01A11128 BlueGene
Goat Cholesterol ELISA ELISA
E01A46041 BlueGene
Mouse Cholesterol ELISA ELISA
E01A19869 BlueGene
Human Cholesterol ELISA ELISA
E01A2368 BlueGene
Sheep Cholesterol ELISA ELISA
E01A98335 BlueGene

Desarrollo de un nuevo ensayo cuantitativo de PCR en tiempo real con reactivo en polvo liofilizado para detectar el virus de la peste porcina africana en muestras de sangre de cerdos domésticos en China.
La peste porcina africana (PPA) es una enfermedad devastadora que está causando enormes pérdidas económicas en China. Por lo tanto, es urgente proporcionar un método de diagnóstico rápido, altamente específico y sensible para la detección del virus de la peste porcina africana (VPA), el agente infeccioso de la PPA.
En este estudio, se estableció un nuevo ensayo de reacción en cadena de la polimerasa (qPCR) cuantitativa en tiempo real con reactivos en polvo liofilizados (LPR), dirigido al gen de la proteína estructural principal p72, para la detección del ASFV. Este ensayo tenía muchas ventajas, como el ahorro de tiempo y dinero, la buena sensibilidad y la repetibilidad.
La sensibilidad de este ensayo fue de 100 copias/μl de plantillas de plásmidos del ASFV, y el ensayo mostró una sensibilidad 10 veces mayor que un ensayo qPCR recomendado por la OIE.
Además, el análisis de especificidad mostró que la qPCR con el LPR para el ASFV no tenía reactividad cruzada con otros patógenos porcinos importantes.

Rat Cholesterol ELISA ELISA
E01A11128 BlueGene
Goat Cholesterol ELISA ELISA
E01A46041 BlueGene

En los diagnósticos clínicos de 218 muestras de sangre de cerdos domésticos en China, la tasa de positividad del diagnóstico del virus de la peste porcina africana por qPCR con el LPR y el kit comercial alcanzó el 80,73% (176/218) y el 76,61% (167/218), respectivamente. La tasa de coincidencia entre los dos ensayos es del 92,20% (201/218), y el valor kappa es de 0,768 (P < 0,0001) mediante el análisis SPSS.
La concordancia global entre los dos ensayos fue del 95,87% (209/218). La correlación de Pearson y el análisis de regresión lineal mostraron una correlación significativa entre los dos ensayos con un valor R2 de 0,9438. El procedimiento completo, desde el procesamiento de la muestra hasta el informe de resultados, puede completarse en 2 horas. Nuestros resultados demostraron que el ensayo qPCR-LPR es una buena herramienta de diagnóstico de laboratorio para la detección sensible y eficiente del ASFV. Este artículo está protegido por derechos de autor. Todos los derechos reservados.

antibody
Omnimabs
Stepped Micro Tip (includes Interface Washers)
0-120-0005 Biologics
Tapered Micro Tips
0-120-0007 Biologics
Tapered Micro Tips 5 mm Diameter Tapered Titanium Micro Tip
0-120-0008 Biologics
10 mm Diameter Solid Titanium Tip
0-120-0009 Biologics

Identificación y eliminación del ADN microbiano contaminante de los reactivos de PCR: impacto en los análisis del microbioma de baja biomasa.

La contaminación derivada de los reactivos puede comprometer la integridad de los datos del microbioma, especialmente en muestras de baja biomasa microbiana. Esta contaminación se ha atribuido recientemente al “kitome” (contaminación introducida por el kit de extracción de ADN), antes de lo cual se prestaba atención sobre todo a la contaminación potencial introducida por los reactivos de la PCR.
En este estudio, evaluamos la proporción en la que nuestro kit de extracción de ADN y la mezcla maestra de PCR introducen ADN microbiano contaminante en los perfiles microbianos bacterianos generados por la secuenciación del gen 16S rRNA.
Utilizando un protocolo comercial de tratamiento con dsDNasa para descontaminar la mezcla maestra de PCR, demostramos que la gran mayoría del ADN contaminante procedía de la mezcla maestra de PCR.
Es importante destacar que esta contaminación se eliminó casi por completo utilizando el simple tratamiento con dsDNasa, dando como resultado una reducción del 99% de las lecturas bacterianas contaminantes.
Sugerimos que el tratamiento con dsDNasa de los reactivos de la PCR debería ser explorado como una forma sencilla y eficaz de reducir la contaminación en los estudios del microbioma de baja biomasa y producir datos más robustos y fiables.

antibody
Omnimabs
Stepped Micro Tip (includes Interface Washers)
0-120-0005 Biologics
Tapered Micro Tips
0-120-0007 Biologics
Tapered Micro Tips 5 mm Diameter Tapered Titanium Micro Tip
0-120-0008 Biologics

La contaminación de los reactivos con ADN microbiano es un problema importante en los estudios del microbioma de muestras de baja biomasa microbiana. Los niveles de este ADN contaminante a menudo superan lo que está presente en la muestra y confunden en gran medida el análisis posterior de los datos. Estudios anteriores han sugerido que esta contaminación se deriva principalmente de los kits de extracción de ADN.

Aquí, identificamos la mezcla maestra de PCR como la principal fuente de contaminación y demostramos que la eliminación enzimática de la contaminación redujo drásticamente la señal en blanco y mejoró la precisión. La descontaminación de las mezclas maestras de PCR puede tener el potencial de mejorar la sensibilidad y la precisión de los estudios del microbioma de baja biomasa.

antibody
Omnimabs
Stepped Micro Tip (includes Interface Washers)
Biologics
Tapered Micro Tips
Biologics
Tapered Micro Tips 5 mm Diameter Tapered Titanium Micro Tip
Biologics

Fuentes :

  1. NCBI
  2. Gentaur

Leave A Comment